Burno 16. stoletje
V 16. stoletju, med letoma 1574 in 1600, so jo kot rezultat prizadevanj velenjskega graščaka Baltazarja Wagna za svoje bogoslužje pridobili protestanti. Ti so v cerkvi in na pokopališču okoli nje tudi pokopavali. Poleg žene predikanta, luteranskega pridigarja Ivana Dolijanskega, sta bila morda v cerkvi pokopana tudi Baltazar Wagen in njegov sin. Pokopališče okoli cerkve je še nekaj desetletij po ponovnem katoliškem prevzemu cerkve služilo za pokope protestantskih vernikov. Grofje Sauerji, lastniki Velenjskega gradu od leta 1603, so dobili celo dovoljenje za ureditev družinske grobnice. Cerkev je v roke katolikov po dolgoletnih prizadevanjih ter hudih sporih prešla leta 1600. Na belo nedeljo (9. aprila) jo je z veliko procesijo, ki naj bi štela več kot 10 tisoč ljudi, prevzel in posvetil ljubljanski škof Tomaž Hren.
Skica trške cerkve je iz t. i. pontifikalnih protokolov ljubljanskega škofa Tomaža Hrena, ki so nastajali v letih 1577–1611. Original hrani Metropolitska knjižnica v Zagrebu. Prepis in pričujočo skico pa je v prvi polovici 20. stoletja naredil Franc Pokorn.
Hrani …